Dit is nog niet aangetoond. Het vaccin dat wordt gebruikt beschermt tegen de HPV-varianten die samen ongeveer zeventig procent van het aantal gevallen van baarmoederhalskanker veroorzaken. Omdat baarmoederhalskanker niet heel vaak voorkomt – ongeveer 600 gevallen per jaar in Nederland – en het meer dan vijftien jaar duurt voordat baarmoederhalskanker zich ontwikkelt na een HPV besmetting, duurt het lang voordat gemeten kan worden of de grootschalige vaccinatie met het HPV-vaccin effect heeft. Op basis van de werking van het vaccin wordt wel verwacht dat het aantal gevallen van baarmoederhalskanker uiteindelijk zal afnemen.

Informatie over de werkzaamheid van het HPV-vaccin op het voorkómen van baarmoederhalskanker komt pas beschikbaar op het moment dat heel veel mensen het vaccin hebben gehad. Dit komt omdat de kans voor een individu om baarmoederhalskanker te krijgen vrij klein is. Het opnemen van het HPV-vaccin in het Rijksvaccinatieprogramma moet overigens niet worden gezien als een medisch experiment; er is al wel uitgebreid onderzocht dat het vaccin werkt tegen de varianten van het virus die de meeste gevallen van baarmoederhalskanker veroorzaken. Daarnaast is het vaccin getest op veiligheid. Uit de veiligheidsonderzoeken zijn geen ernstige bijwerkingen naar voren gekomen. Wachten met vaccineren totdat meer gegevens beschikbaar zijn zou ook betekenen dat enkele honderden vrouwen per jaar baarmoederhalskanker krijgen bij wie dat met vaccinatie wellicht voorkomen had kunnen worden.

Voordat een vaccin op de markt mag komen en bij gezonde mensen mag worden gebruikt, moet het door de officiële instanties worden beoordeeld en goedgekeurd. Hiervoor moeten uitgebreide onderzoeken naar de werkzaamheid en de veiligheid worden gedaan door de fabrikant. Uit deze onderzoeken en op basis van vervolgonderzoeken die inmiddels ongeveer twintig jaar met het vaccin worden gedaan, zijn geen ernstige bijwerkingen gebleken. In enkele gevallen die worden beschreven op internet hebben personen ernstige klachten gekregen nadat ze een HPV-vaccin hebben gehad. Uit de analyse van deze gevallen is echter niet gebleken dat de klachten door de vaccinatie zijn ontstaan. Wanneer heel veel mensen hetzelfde vaccin krijgen, kan het optreden van klachten bij een enkeling ook op toeval berusten.

Op basis van de ervaring die er met het vaccin is, is er geen bewijs dat vaccinatie met het HPV-vaccin leidt tot verlamming, vruchtbaarheidsproblemen, aangeboren afwijkingen bij nakomelingen of plotselinge sterfte. Net als bij andere geneesmiddelen blijft het raadzaam attent te zijn op onverwachte of zeldzaam voorkomende bijwerkingen. In Nederland is bijwerkingeninstituut Lareb verantwoordelijk voor de registratie en evaluatie van bijwerkingen. Via www.lareb.nl kunnen apothekers, artsen en patiënten bijwerkingen melden. De bijwerking (langdurige) vermoeidheid na HPV-vaccinatie wordt regelmatig gemeld bij het Lareb. Het verband met het vaccin wordt onbewezen geacht, omdat langdurige vermoeidheid een klacht is die bij meisjes op deze leeftijd ook los van vaccinatie voorkomt.

Naast baarmoederhalskanker, kan ook een aantal andere soorten kanker worden veroorzaakt door het humaan papillomavirus. Dit geldt onder andere voor kanker aan neus, keel, mond, anus en penis. Om het aantal gevallen van deze vormen van kanker te verminderen, wordt momenteel onderzocht of het raadzaam is het HPV-vaccin niet alleen aan meisjes, maar ook aan jongens te geven. Omdat HPV via seksueel contact wordt overgedragen, zal het aantal meisjes dat met het virus besmet wordt ook dalen wanneer jongens worden gevaccineerd.